В продължение на 20 години ЦРЧР се утвърждава като успешна национална структура за управление на европейски образователни програми. Още от 1999г. Центърът е включен активно в администрирането и управлението на европейските образователни програми и инициативи.
Постепенно Центърът се открои със собствен разпознаваем облик сред националната образователна общност на всички нива, не само като администратор на финансираните от Европейския съюз програми, но преди всичко – като платформа за обмен на иновативни образователни методи и добри практики за разрешаване на предизвикателства, възникващи в системата на образованието и обучението.
В края на 2013 година приключи програмният и финансов период на европейската програма за образование и обучение „Учене през целия живот”, администрирана от ЦРЧР в качеството му на българска Национална агенция.
